內政部為解決目前替代役役男就醫不便、申請補助費用不易等問題，已完成修正「替代役役男保險實施辦法」第12條、第12條之1，並於102年1月1日實施。內政部108年3月25日修正發布新名稱為「替代役役男保險及醫療實施辦法」及第12條、第12條之1條文，並增訂第11條之1。
修正後之規定係擴大替代役役男補助就醫據點，並修正醫療補助費撥補程序以節省行政成本。
內政部說明，先前規定替代役役男非緊急之傷病，必須前往國軍醫院就醫，始可獲得醫療費用補助。
但因目前全國僅有11處國軍醫院，而替代役役男服勤處所遍及全國各地，為維護役男就醫權益，修正規定為役男傷病，憑替代役役男身分證，赴所有全民健康保險醫事服務機構就醫，其依全民健康保險法規規定，應自行負擔之醫療費用，由內政部編列預算直接撥付健保局，役男無需支付，將使役男就醫更方便，維護其就醫權益。
另外，內政部亦規定未來替代役役男就醫仍需自行支付掛號費(因公傷病就醫者由主管機關負擔)，期使役男珍惜醫療資源，並落實全民健保分級就醫制度。同時規範替代役役男於服役期間傷病，若有接受全民健康保險不給付範圍醫療項目之需求，則可視個案情形酌以補助醫療技術費、醫師診察費、手術費及無保險病房時之上一等病房差額。
本項替代役役男醫療新制施行後，將可解決目前役男就醫不便及申請醫療補助不易等問題，使役男在服役期間均能得到妥適之醫療照顧，而能安心服役，並提升替代役服勤效能。